Die Kleintierklinik wird von der Spitalleitung, bestehend aus dem Ärztlichen Leiter (Prof. David Spreng), der Leiterin Pflegedienst (Danièle Thiébaud)  sowie der Klinikmanagerin (Barbara Hirsbrunner) geführt. Die Spitalleitung zeichnet sich verantwortlich für den operativen Spitalbetrieb. Sie funktioniert als kollektiv Gremium. Der Vorsitz der Spitalleitungssitzungen liegt beim Ärztlichen Leiter. Die Spitalleitung tagt regelmässig, i.d.R. wöchentlich.

Strategische Fragen und Entscheide obliegen dem Strategiegremium, bestehend aus den tierärztlichen Abteilungsleitenden sowie einem Vertreter der Assistentinnenschaft. Mitglieder sind nebst der Spitalleitung:  Dr. Th. Francey,  Dr. J. Howard, Prof. J. Lang, PD Dr. P. Roosje, Dr. B. Schöllhorn, Prof. C. Spadavecchia, Prof. M. Vandevelde.